微波萃取自动化平台的萃取技能起步较微波消解技能晚，还处于初始阶段。微波消解使用得到充沛验证以后，1986年将微波技能使用于有机化合物萃取，将样品放于一般家用微波炉中，经过功率/时刻形式激发微波，几分钟就能萃取得到了传统加热需求几个小时甚至十几个小时才能得到的剖析物。
微波萃取自动化平台的微波是指频率为300到300000MHz的电磁波，介于红外线和无线电波之间。民用微波频率一般采用2450MHz，所对应能量大约为0.96J/mol，能级归于范德华力(分子间作用力)的领域，与化合物键能相差甚远。USEPA经过对17种稠环芳香碳氢化合物、14种苯酚类化合物、8种碱性、中性化合物以及20种有机农药的研讨认证了微波萃取法不会破坏任何被测剖析物的分子结构。
微波萃取自动化平台进行环境剖析关键的步骤之一就是样品的预处理，即从收集到的环境样品基体中(如废水、土壤、植物、食物、饲料等)提取出待测剖析组分。多年来人们一直在探究速度快、消耗少、功率高且重复性好的提取办法，从传统的溶剂振动萃取、索氏提取、超声提取到新近发展起来的快速溶剂萃取和超临界萃取，这些技能因为本钱和功率等问题，在使用中都存在了一定的局限性，而微波萃取技能则改进了这一点。
土壤和沉积物样品含有大量有必要被剖析的有害物质，也是环境监测中*的重要内容。但土壤中残留有机污染物的提取一直是剖析工作的薄弱环节，主要原因是大多数有机物，特别是农药与土壤有较强的耦合。在实验室中，剖析人员试着将这些有害物质如杀虫剂从固体中萃取出来，烃类污染物如总石油烃(TPHs)，多环芳烃(PAHs)，多氯联苯(PCBs)，含氯杀虫剂以及含氮或含磷的化合物是土壤和沉积物中最常被测定为污染物的物质。
