微波消化系统建立在通过微波介电加热效应的基础上来有效加热物质的，介电加热时通过两种主要机理来加热的。
偶极极化：能够在微波辐射下产生热的物质必须具有偶极矩，当施加电场发生震荡时，偶极场在交流电场中进行重排。在这一过程中，由于分子间的摩擦和介电损失，能量以热的形式被消耗。
离子传导：在离子传导过程中，样品中溶解的带电粒子在微波场的影响下前后震荡，与其邻近的分子或原子碰撞，碰撞引起搅动或运动，便形成了热。在介电加热中，电磁能首先转化为动能，然后转化为热能。
微波消化系统是如何工作的，可以先从物质与微波的作用方式开始。物质与微波的作用方式可以分为三类：导体反射微波，绝缘体透过微波，电介体吸收微波。微波消化系统的消解罐材质都是绝缘体方便微波透过，然后其中的酸试剂（电介体）可以吸收微波并被加热。微波消化系统中的微波由腔体中的磁控管产生。
1、微波消化系统，消解样品的量不要太少，不要低于三分之一的消解罐容积。
2、微波消化系统的冷却系统必须要能正常工作。
3、注意温度和压力的设定不要超过仪器的限度。
4、微波消化系统消解完成后不要马上取出样品，待其自然冷却或降温冷却后再打开消解罐。
5、不熟悉的样品称样量消解时应严格的限制在：0.5克以内。
6、称样量应尽量保持一致。
7、在同一批反应中，不可同时混用不同型号的反应罐或者将不同性质的样品混合消解。
8、加样时不要使样品沾在容器壁上，如果沾附，请用溶剂或去离子水冲洗入溶液内。
9、同一批反应中不可同时使用不同的试剂体系（同一批反应必须使用相同的酸或溶剂）。
10、确保每个罐子有压力弹片，并拧紧各罐的盖子。
11、保证每个内衬罐都已安装好外壳保护套，同时保证保护套为干燥状态。
12、消解罐必须要密封好，腔门要关好。
摆放消解罐：
1、每次实验罐子数量6个以上。
2、使用6-16个罐子时首先排放在内环，尽可能均匀摆放。
3、使用17-24个罐子时，可均匀的摆放在外环。
4、使用25-32个罐子时，可将一半罐子均匀的摆放在内环，另一半均匀的摆放在外环。
5、使用33-40个罐子时，首先填满内环，其余的均匀的摆放在外环。
